Kisszékely közigazgatási területe csaknem teljes egészében a Kisszékelyi-patak vízgyűjtő területére esik. A patakvölgy két oldalán egy-egy nagy erdőtömb foglal helyet, a Kisszékelyi, illetve a Nagyszékelyi erdő.
A pacsmagi halastórendszer csodálatos természeti környezet, és nagy léptékű mérnöki alkotásként is megállja a helyét. Bár látogatni csak engedéllyel lehet, ennek ellenére sok látogatót vonz. A területnek kiemelkedő a szerepe. A védett növények közt említendő a bíboros kosbor és a Sadler-imola. A viszonylagos háborítatlanság 170 fajt elérő madárfaunának biztosít költő- és fészkelő-helyet. A legjelentősebb a cigányrécék állománya. Az 1-es számú tó nádszigete jelentős nagyságú gémtelepet rejt.
A természetvédelmi terület 47 hektáros. Védett ritkaságai közt vannak, amelyek rejtélyesen kerültek ide más vidékekről (az Alföldről vagy az Alpok nyúlványairól), és megtalálhatók olyan fajok is, amelyek még a jégkorszak maradványai (például a zergeboglár). Nemcsak a flórája, a madárvilága is rendkívül gazdag: nagykócsagok, fekete gólyák, szürkegémek, récék, szárcsák, vízityúkok, sárszalonkák népesítik be.
A németkéri Hardi legelő a Dél-Mezőföld Tájvédelmi Körzet része, amely 1987-ben lett védett terület. A megye egyik legnagyobb összefüggő homoki legelője. A vegetáció mozaikos szerkezetű, a nyílt és zárt homoki gyepek mellett rétlápokat, zsombéklápokat találunk. Védett fajai a kornistárnics, a hússzínű ujjaskosbor, a báránypirosító. Fészkel a mezei- és erdei pacsirta, a cigány csuk.
A természeti csodákban és szépségekben gazdag dél-dunántúli Mecsek-hegység Tolna megyébe csak kis területen nyúlik be. Ugyanakkor a Kelet-Mecsek Tájvédelmi Körzet részeként Váralja község közigazgatási területén a megye is büszkélkedhet a kirándulók százait vonzó természeti adottságokkal.
